C'est le co-fondateur de Konoha. C'était le leader du clan Uchiha rival du clan Senju dirigé par Hashimara Senju futur Shodaime. Les deux clans se battaient entre eux jusqu'à ce que le clan Senju proposa une trêve. Madara refusa mais les membres de son clan, lassés par ces interminables conflits et par tous ses morts, ils le poussèrent à accepter. Les deux leader fondèrent le village caché de la feuille mais une question se posa : qui allait devenir le dirigeant du village ? Les habitants de Konoha et le pays du feu votèrent pour Hashirama. Madara pensait que les Uchiha allaient être écartés du pouvoir et, pour "rétablir la suprématie du clan Uchiha", il voulait s'opposer à Shodaime mais aucun membres de son clan n'était prêt à le suivre. Il quitta donc Konoha. Il revint "defier" le village caché de Konoha. Le shodaime et Madara se combattèrent dans la vallée de la fin. Le 1er Hokage sortit vainqueur de cette bataille, laissant pour mort Madara Uchiha. Il y a 16 ans Kyûbi attaqua le village de Konoha mais fut stoppé par Yondaime. Cet évènement fut attribué à Madara Uchiha qui dément qu'il a fait ça pour se venger. Son argument est contraire à celui de Yondaime. Itachi Uchiha concé entre le village et son clan retrouva Madara, qui éprouvait de la haine pour les Senju de Konoha et pour les Uchiha. Il voulait que Madara l'aide à tuer les Uchiha.
C'est lui qui a eu le tout 1er Mangekyou Sharingan avec son frère. Comme il utilisait trop sa fabuleuse pupille, elle commença a s'abimer et il fut plonger dans l'obscurité. Il prit donc les yeux de son frêre (même si il dit que son frêre les lui a donner)
Quand Tobi enlève son masque et montre son visage à Kisame, ce dernier l'appelle Mizukage-sama ce qui voudrais dire qu'il a été Mizukage du village de Kiri.

Et dire que l'on allez voir son visage
Le Mangekyou Sharingan de Madara
Eien no Mangekyou Sharingan,
Le Mangekyou Sharingan Eternel de Madara. Il l'a accquis en se
grévant les yeux de son frère. C'est en fait un "mix" des deux
Mangekyou Sharingan.
(voir la description de Tobi)